После оккупации Ходжавендского района армянами, церковь Хунерли, как и другие албанские христианские памятники, подверглась арменизации. Во время оккупации, в 2010 году, был создан «благотворительный фонд» для восстановления храма. В мае 2019 года инициативная группа проживающей в России Светланы Татунц армянского происхождения начала незаконные реставрационные работы под руководством «реставратора» Самвела Айвазяна. В социальных сетях распространились обращения лиц армянского происхождения, проживающих в России, Греции, Армении и Германии, о сборе средств в размере 25 тыс. долларов для полного восстановления памятника. Незаконные реставрационные работы не проводились в соответствии с какой-либо научной концепцией. Таким образом, без определения конструкционных возможностей памятника, на потолок было уложено железобетонное покрытие, а поверх него черепица армянского производства. Таким образом, армяне добились изменения внешнего вида памятника.
Об этом АЗЕРТАДЖ сообщил заведующий сектором исследований архитектурных памятников и духовного наследия Кавказской Албании Научного центра албановедения Института археологии, этнографии и антропологии Национальной Академии наук Азербайджана, доктор философии по истории, доцент Натиг Алышов.
Ученый отметил, что церковный комплекс состоит из главного здания с тремя прямоугольными залами. Оштукатуренные боковые стены внутри церкви сложены из грубо обтесанных камней. Длина церкви, толщина стен которой превышает метр, составляет 15,25 метра, а ширина – 12,10 метра. Самая интересная часть церкви — изображение змеи в левой части потолка. В XII веке здесь действовал албанский монастырь. Реставрационные работы проводились вокруг церкви в XVII веке. Единственный парадный вход церкви, расположенный на западе, контрастирует с общей композицией. В ходе ремонтно-реставрационных работ, проводившихся в более поздние периоды, здесь были размещены надписи различного назначения, послужившие изменению национальной принадлежности памятника. Несмотря на все эти вмешательства, памятник остается самым великолепным образцом Албанской апостольской церкви XII века.
«Во время 44-дневной Отечественной войны, с освобождением села Хунерли от оккупантов, была прервана запланированная политика арменизации внутреннего интерьера памятника. 15 марта 2021 года Президент Азербайджанской Республики Ильхам Алиев в рамках поездки в Физулинский и Ходжавендский районы ознакомился с албанским храмом в селе Хунерли Ходжавендского района и отметил, что это древний албанский храм.
Возобновление систематических исследований албанско-христианских памятников Карабаха имеет большое значение для истории государственности. Эти исследования послужат разоблачению армянских фальсификаций на албанских памятниках», — заключил ученый.